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導演:金·曼納斯
主演:大衛·杜楚尼 吉蓮·安德森 米徹·佩勒吉 威廉·B·戴維斯 湯姆·布萊德伍德 迪恩·哈格魯德 布魯斯·哈伍德 約翰·芬
繼續延續上一季的劇情,原來穆德受了騙,及時發覺錯誤後和史考莉串通好來騙政府高層,以潛入一個“作為一個普通FBI特別探員不該進入的地方”蒐集需要的資料。本季發展越來越精彩,一些沒有被完全改造的混血外星人聯合起來抵抗殖民陰謀。史考莉被綁架時子宮被移除,但今年卻出現了她的孩子——艾蜜莉。今年製作小組甚至找了兩位知名科幻小說家操筆,客串寫出兩集劇本。另外今年也有一集喜劇。整出X檔案為了配合電影的上映,加入了一些角色及內容,“辛迪加”組織的陰謀越來越明顯,穆德再一次接近事實的真相。穆德前女友的出現也對穆德與史考莉間的關係做出重大考驗。該季結束於吸菸人燒燬了所有X檔案卷宗。詳情