《永遠之久遠》的故事是講述因為某些原因，有不少正處於青春期的少男少女突然醒覺了某種能力——他們擁有把他們最渴望的想法化成現實的能力。雖然能夠把自己的想法化成現實看似很美好，但當他們濫用新能力時，他們便會給能力侵蝕並失去自我，最後化成怪物「Besutia」。而本作的男主角三槌久遠，同様是能力者的他不但沒有舍棄他們，並接受了他們的靈魂。在無數的晚上，久遠與這些孤獨的少男少女們一同生活著。另一方面，神秘的組織「Ordo」派出了機器的獵犬「Custodes」狩獵著久遠他們。諷刺的是，這些獵犬也是除了大腦及神經以外，其他部分均換成機器的怪物。異端狩獵著異端的諷刺，誰也逃不過這負面的連鎖。就這様，久遠和少男少女們與這些Custodes持續戰斗著。流著血的久遠，也在尋求著明天。