故事發生在虛構的未來世界，彼時，人類因為疏忽和大意而失去了制海權，海洋，成為了人們可望而不可即的所在，盤踞在那里的，是一股名為「深海棲艦」的強大勢力。為了同這股勢力抗爭，一群名為「艦娘」的女孩子們出現了，在她們的體內，棲息着艦艇之魂，亦是明日呢化身成為各式各樣的戰艦，為了人類的和平做着不懈的努力。　　平日里，艦娘們在名為「鎮守府」的大本營里進行日常生活和訓練，某日，一位名叫吹雪（上坂堇 配音）的活潑女孩出現在了大家的面前，初來乍到的她躊躇滿志，熱情滿滿地加入了艦隊的新生活中去，在這里，充滿了精彩和刺激的日常就此展開。