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主演：坂本真綾 塾一久 松田健一郎 新垣樽助 壇臣幸 中國卓郎 上田耀司 中井和哉
這是一段攻殼機動隊成立前夕鮮為人知而又影響深遠的故事。2027年6月6日的一天，隸屬陸軍機密部隊501機關的真室中佐（宮內敦士 配音）在鬧市街頭被人殺害，此前他曾陷入軍火買賣的賄賂丑聞不得脫身，他對死亡背後自然隱藏著無數謎團。陰雨之夜，試圖取回真室電子腦的公安9課課長荒卷大輔（塾一久 配音）與生化人草薙素子（坂本真綾 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此時草薙還只是501機關負責網絡犯罪追查的軍人，此行她希望找到倍為尊重的中佐蒙冤以及遇害背後的真相。誰知，棺木中的中佐早已不見了蹤影。在此之後，她受到荒卷委托展開調查，並在一連串凶險追查的過程中與前特種部隊成員巴特（松田健一郎 配音）和時為新濱縣刑詳情
